Trong quá trình điều tra vụ án liên quan đến Tập đoàn Phúc Sơn, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tiến hành kê biên, thu giữ số tài sản khủng gồm 1.440 bất động sản, phong tỏa 43 tài khoản, sổ tiết kiệm, thu giữ nhiều tiền, vàng, USD...
Theo kết luận điều tra, ở tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", bị can Nguyễn Văn Hậu (Chủ tịch Tập đoàn Phúc Sơn) gây thiệt hại tài sản Nhà nước với tổng số tiền 504 tỷ đồng.
Với tội danh “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, Hậu gây thiệt hại tài sản Nhà nước tổng số tiền 459 tỷ đồng.
Với tội danh “Đưa hối lộ”, Nguyễn Văn Hậu bị cáo buộc đưa tổng số tiền lên đến hơn 132 tỷ đồng để tác động lãnh đạo một số địa phương nhằm thâu tóm các dự án gây thiệt hại hơn 900 tỷ đồng cho Nhà nước.
Tại Vĩnh Phúc, Nguyễn Văn Hậu gặp gỡ, đưa hối lộ cho bị can Hoàng Thị Thúy Lan, cựu Bí thư Tỉnh Ủy Vĩnh Phúc là 25 tỷ đồng và 1 triệu USD (tương đương hơn 47,9 tỷ đồng); đưa hối lộ cho bị can Lê Duy Thành, cựu Chủ tịch tỉnh Vĩnh Phúc số tiền 20 tỷ đồng và 1,3 triệu USD nhằm được tạo điều kiện thực hiện dự án Chợ đầu mối.
Tại Quảng Ngãi, Hậu thông qua các mối quan hệ gặp gỡ các lãnh đạo tỉnh gồm Cao Khoa (cựu Chủ tịch UBND tỉnh); Lê Viết Chữ (cựu Phó Chủ tịch, cựu Chủ tịch, cựu Bí thư) và Đặng Văn Minh (cựu Giám đốc Sở GTVT) đề nghị tạo điều kiện cho Tập đoàn Phúc Sơn tham gia thực hiện Dự án đường bờ Nam sông Trà Khúc.
Bị can Nguyễn Văn Hậu và Đặng Văn Minh thỏa thuận Hậu sẽ trích khoảng 5% từ số tiền thi công đưa cho Minh. Tổng cộng, Nguyễn Văn Hậu đưa 22 tỷ đồng và 200.000 USD cho Đặng Văn Minh. Ông Minh sử dụng, hưởng lợi cá nhân 10 tỷ đồng và đưa cho ông Khoa, ông Chữ mỗi người 6 tỷ đồng.
Tại Phú Thọ, Nguyễn Văn Hậu được bị can Nguyễn Doãn Khánh, cựu Bí thư Tỉnh ủy, bị can Ngô Đức Vượng, cựu Chủ tịch tỉnh, sau này là Bí thư Tỉnh ủy chỉ đạo cấp dưới, tạo điều kiện cho Tập đoàn Phúc Sơn được thi công 4 gói thầu tại Khu di tích lịch sử Đền Hùng, gây thiệt hại cho nhà nước hơn 54 tỷ đồng. Sau đó, Nguyễn Văn Hậu gửi tiền "cảm ơn" ông Khánh là 500 triệu đồng, ông Vượng là 1,5 tỷ đồng vào các dịp lễ, Tết.
Quá trình điều tra, khám xét nơi ở, nơi làm việc của các bị can, Cơ quan điều tra đã kê biên, thu giữ số tài sản "khủng".
Cụ thể, CQĐT kê biên 1.440 bất động sản, phong tỏa 43 tài khoản, sổ tiết kiệm liên quan đến Chủ tịch Tập đoàn Phúc Sơn và các bị can.
Khi khám xét nơi ở, nơi làm việc của các bị can CQĐT thu giữ 534 lượng vàng SJC, 41,5 tỷ đồng và hơn 1,1 triệu USD.
Ngoài ra, các bị can, đối tượng liên quan trong vụ án đã nộp tiền khắc phục hậu quả gần 119 tỷ đồng và 900.000 USD.
Trong đó, bị can Lê Duy Thành (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc) được ghi nhận đã nộp và bị thu giữ 25,5 tỷ đồng cùng 1,63 triệu USD.
Ngoài các bị can đã khởi tố và đề nghị truy tố, còn có một số cá nhân có hành vi, vi phạm liên quan ở các mức độ khác nhau nhưng chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự hoặc chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự.
Căn cứ mức độ, tính chất hành vi sai phạm, CQĐT có văn bản kiến nghị các cơ quan chủ quản xử lý nghiêm theo quy định.
Quá trình điều tra, Cơ quan CSĐT còn xác định dấu hiệu sai phạm của một số cá nhân liên quan. Tuy nhiên, do thời hạn điều tra vụ án đã hết, CQĐT tách thông tin, tài liệu liên quan đến hành vi sai phạm của các cá nhân này để tiếp tục điều tra, xử lý sau.