Một trong những điểm mới của Luật Tổ chức TAND (sửa đổi) là đã bỏ thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự tại Tòa của Hội đồng xét xử, thay vào đó sẽ yêu cầu Viện kiểm sát khởi tố nếu có dấu hiệu bỏ lọt tội phạm.
Luật Tổ chức TAND năm 2014 quy định: khi thực hiện nhiệm vụ xét xử vụ án hình sự, Tòa án có quyền khởi tố vụ án hình sự nếu phát hiện có việc bỏ lọt tội phạm. Quá trình xây dựng Luật Tổ chức TAND (sửa đổi), nhiều ý kiến đề nghị không quy định TAND có nhiệm vụ khởi tố vụ án hình sự tại phiên tòa như quy định hiện hành.
Trình bày báo cáo tiếp thu, chỉnh lý của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp Lê Thị Nga cho biết, việc khởi tố, điều tra, truy tố thuộc trách nhiệm của Cơ quan điều tra, viện kiểm sát.
Trường hợp thiếu chứng cứ thì Tòa án trả hồ sơ yêu cầu viện kiểm sát điều tra bổ sung. Nếu phát hiện có việc bỏ lọt tội phạm, Tòa án yêu cầu Viện kiểm sát khởi tố vụ án hình sự. Vì thế, việc bỏ thẩm quyền của Hội đồng xét xử khởi tố vụ án hình sự tại phiên tòa sẽ góp phần phân định rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Tòa án và các cơ quan tiến hành tố tụng khác.
Qua khảo sát của Ủy ban Tư pháp tại một số địa phương cho thấy, hội đồng xét xử khởi tố vụ án hình sự tại phiên tòa là rất ít. Từ những căn cứ trên, cộng thêm tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội, dự thảo luật không quy định thẩm quyền của hội đồng xét xử khởi tố vụ án tại phiên tòa; đồng thời chỉnh lý khoản 1 Điều 0 dự thảo như sau: "Sửa đổi, bổ sung khoản 4 Điều 3 Bộ luật Tố tụng hình sự như sau: "4. Hội đồng xét xử yêu cầu Viện kiểm sát khởi tố vụ án hình sự nếu qua việc xét xử tại phiên tòa mà phát hiện có việc bỏ lọt tội phạm".
Trước đó, nhiều ý kiến chuyên gia, đại biểu Quốc hội cho rằng, Tòa án là cơ quan xét xử, buộc phải bảo đảm vị trí khách quan và trung lập. Do đó, nếu Tòa án tự mình quyết định khởi tố, sau đó cũng là người thực hiện việc xét xử sẽ dẫn đến không bảo đảm tính khách quan. Việc trao cho Tòa án thẩm quyền khởi tố vụ án và các thẩm quyền khác trong quá trình xét xử vụ án hình sự (như trả hồ sơ để yêu cầu điều tra bổ sung, thu thập, bổ sung chứng cứ…) còn cho thấy sự không tách bạch các chức năng của các chủ thể có chức năng trong tố tụng hình sự. Với bối cảnh cải cách tư pháp hiện nay, xu thế mở rộng tranh tụng, tiếp nhận yếu tố tranh tụng vào mô hình tố tụng thẩm vấn truyền thống tại Việt Nam, Tòa án sẽ trở nên không trung lập giữa chủ thể buộc tội và chủ thể gỡ tội để bảo đảm tranh tụng trong xét xử.
Ngoài ra, theo các chuyên gia, Tòa án có hai chức năng là xét xử và thực hiện quyền tư pháp. Trong khi đó, khởi tố vụ án hình sự không thuộc về các chức năng trên.
Do đó, việc Tòa án thực hiện việc khởi tố vụ án là không phù hợp với chức năng, quyền hạn của Tòa án trong Hiến pháp. Bên cạnh đó, Tòa án là cơ quan xét xử vụ án dựa trên nhiều nguyên tắc, trong đó có nguyên tắc suy đoán vô tội.
Do vậy, việc Tòa án tự mình khởi tố và xét xử có thể không đảm bảo nguyên tắc này trong hoạt động tố tụng. Hơn nữa, mặc dù trước đây pháp luật quy định Tòa án có quyền khởi tố vụ án, tuy nhiên thực tế, Tòa án rất ít khi thực hiện quyền này của mình, việc khởi tố vụ án chủ yếu vẫn do Cơ quan điều tra tiến hành. Vì vậy, việc từ bỏ quyền khởi tố của Tòa án được đánh giá là một sửa đổi phù hợp, tiến bộ, tách bạch mối quan hệ giữa cơ quan tiến hành khởi tố vụ án và Tòa án.